Tăng cường hợp tác với các bệnh viện và chuyên gia đầu ngành nhằm phát triển các kỹ thuật mũi nhọn hỗ trợ công tác chuyên môn và công tác đào tạo của bệnh viện là một trong những hoạt động nằm trong định hướng phát triển với mục tiêu nâng cao chất lượng phục vụ và dịch vụ y tế của Bệnh viện Đại học Võ Trường Toản khi đi vào hoạt động.

Trên cơ sở trao đổi kinh nghiệm và nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ, Bệnh viện Đại học Võ Trường Toản đã đẩy mạnh hợp tác hỗ trợ chuyên môn với các cơ sở y tế khám chữa bệnh có uy tín và chất lượng hàng đầu như Bệnh viện Chợ Rẫy, Bệnh viện Đa khoa Trung ương Cần Thơ và một số bệnh viện chuyên khoa sâu khác.

Hoạt động hợp tác giữa Bệnh viện Đại học Võ Trường Toản với các cơ sở y tế trong​ phạm vi ​cả nước sẽ góp phần gia tăng phạm vi hoạt động chuyên môn từ lĩnh vực nghiên cứu khoa học, phối hợp đào tạo nâng cao tay nghề; đồng thời tăng cường chất lượng dịch vụ khám, chữa bệnh từ công tác hỗ trợ phương pháp điều trị, chuyển giao kỹ thuật y khoa ...

Ngoài ra, Bệnh viện Đại học Võ Trường Toản đang hướng đến mở rộng mối quan hệ hợp tác quốc tế nhằm tiếp thu khoa học công nghệ, kỹ thuật y học tiên tiến; tiếp nhận tư vấn đầu tư các trang thiết bị y tế hiện đại trong chẩn đoán và điều trị; đồng thời nâng cao kỹ năng chuyên môn, khả năng phục vụ và quản lý của bệnh viện thông qua dự án hợp tác, viện trợ, hỗ trợ học tập tại nước ngoài...