Phát triển hợp tác đào tạo và nghiên cứu khoa học là một trong những chức năng, nhiệm vụ hàng đầu của Bệnh viện Đại học Võ Trường Toản khi chính thức đi vào hoạt động nhằm góp phần cung cấp nguồn nhân lực y tế và các sản phẩm khoa học, công nghệ chất lượng cao trong lĩnh vực y, dược. Trong đó, đẩy mạnh công tác nghiên cứu khoa học là động lực quan trọng nâng cao chất lượng, hiệu quả của công tác khám, chữa bệnh từ việc ứng dụng các thành tựu khoa học, chuyển giao công nghệ mới vào y tế; nâng cao trình độ, nghiệp vụ chuyên môn của cán bộ y tế; cải tiến và tăng cường hiệu quả công tác tổ chức, quản lý bệnh viện.

Định hướng trong thời gian tới, Bệnh viện Đại học Võ Trường Toản sẽ đẩy mạnh công tác nghiên cứu khoa học phát triển cả chiều rộng lẫn chiều sâu, triển khai thực hiện các đề tài nghiên cứu khoa học mang tính thực tiễn nhằm ứng dụng kết quả nghiên cứu vào lâm sàn​g. Đồng thời tăng cường tiềm lực khoa học - kỹ thuật của bệnh viện từ các nghiên cứu định hướng phục vụ cho công tác đào tạ​o​ làm nền tảng khoa học cho những nghiên cứu tiếp theo; nghiên cứu và áp dụng những kỹ thuật mới, hiện đại trong chẩn đoán và điều trị ​với mục tiêu ​nâng cao hiệu quả chăm sóc sức khỏe ​cho​​ người bệnh.